Entre as inovações do curso de Ciências Contábeis estão o uso de tecnologias digitais aplicadas à contabilidade e a integração entre ensino, pesquisa e extensão, por meio de estágios e projetos comunitários. Outro destaque é a ênfase em Contabilidade Rural e Gestão Contábil Aplicada ao Agronegócio, considerando que grande parte da atividade econômica regional está relacionada à agricultura familiar, à produção agrícola, à pecuária, ao manejo florestal, ao cooperativismo e às cadeias produtivas de base amazônica.
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